1. 低热能值，由于低聚果糖不能被人体直接消化吸收，只能被肠道细菌吸收利用，故其热值低，不会导致肥胖，间接也有减肥作用。对糖尿病患者来说也是一种良好的甜味剂。

2. 由于其不能被口腔细菌(指突变链球菌Smutans)利用，因而具有防龋齿作用。

3. 对肠道益菌的增殖作用。低聚果糖对肠道中有益菌群如双岐杆菌、乳酸杆菌等有选择性增殖作用，使有益菌群在肠道中占有优势，抑制有害菌的生长，减少有毒物质(如内毒素、氨类等)的形成，对肠粘膜细胞和肝具有保护作用，从而防止病变肠癌的发生，增强机体免疫力。

4. 可降低血清中胆固醇和甘油三酯的含量。

5. 促进营养的吸收，尤其是钙的吸收。

6. 防治腹泻和便秘。